С 9 недели формируются наружные и внутренние половые органы плода в соответствии с генетическим полом, образуется вилочковая железа. Начинается формирование структур головного мозга, щитовидной железы, формируется нёбо. Образуется функциональная система «мать-плацента-плод». На 9-й неделе размер эмбриона составляет приблизительно 13-17 мм, вес — 1,5-2 г. Начинают формироваться зачатки зубов, заканчивается деление сердца на четыре камеры (два предсердия и два желудочка). Формируются шея, нос, уши. К 11-й неделе появляются веки, четко определяются губы.
